Rintaro Okabe, el autodenominado científico loco que descubrió el secreto para viajar en el tiempo, llamó la atención de cierta organización que para amedrentarlo, asesinó a su amigovia Mayri. Para socorrer su historia, Okabe deberá viajar constantemente en el tiempo hasta eludir esa muerte, si bien para ello tuviese que dejar que otra muchacha, Makise, muera el mismo día en el que se conocen. Claro que nada es tan simple como parece, y esta muerte sirve como punto de inicio a nada menos que la III Guerra Mundial, y en el medio de una crisis de identidad, va a conocer una IA (inteligencia artificial) que reabrirá viejas lesiones.
